Il modello BDI di spiegazione dei fatti psicologici, così come il computazionismo, sono definiti modelli top-down: da uno studio delle capacità e degli effetti osservati in psicologia cerchiamo di derivare un modello che possa poi adeguarsi, in linea di principio, alle strutture neurali che costituiscono il sistema. Le neuroscienze sono invece, come si è visto, un sistema di spiegazione bottom-up: ritengono cioè che solo dallo studio delle strutture biologiche che rendono anatomicamente possibile la mente sia possibile risalire a spiegare causalmente i fenomeni osservati dalla psicologia. 

Il connessionismo è anch'esso un modello bottom-up: a partire da modelli elementari di connessione neurale, si tenta di risalire a modelli sempre più complessi che consentano di spiegare il comportamento; in altri termini, ciò che è al centro dell'attenzione è l'architettura delle connessioni neurali. Riprodurre questa architettura consente, sia pure in forma idealizzata, di fornire un modello soddisfacente di ciò che nella mente è la spiegazione dei fenomeni psicologici osservati.

E' evidente che connessionismo e computazionalismo, benché opposti nella procedura di analisi della mente, hanno tuttavia alcuni presupposti in comune: e fra questi soprattutto l'idea di una mente intesa nella sua attività più propriamente teoretica e di calcolo (il cui modello è, ad esempio, il giocatore di scacchi), e non collocata in un ambiente, influenzata da emozioni, sensazioni e necessità di adattamento istantaneo. E' proprio questa l'obiezione che, a partire dagli anni '80, è stata portata ai modelli connessionistici e computazionali: l'attenzione è stata riservata alle attività puramente teoretiche della mente, dimenticando il fatto che la mente non vive isolata, ma dentro un corpo, con il quale interreagisce in tempo reale; e che questo corpo è, a sua volta, collocato all'interno di un ambiente dinamico, che si modifica continuamente. Queste obiezioni hanno portato alla nascita della cognizione situata, che negli studi di Clark, Brooks e altri ha spostato l'interesse delle scienze cognitive su problemi di modellizzazione più concreta della mente.

Inoltre, entrambi gli approcci ammettono, in linea di principio, l'idea di una mente non biologica, affidata a una computazione meccanica. Questa impostazione impedisce, in certo grado, che il gap di Leibniz, la distanza fra la mente di cui parliamo e quella che le neuroscienze studiano, possa in qualche misura essere colmata.