Nel modello BDI, la psicologia è intesa come un corpus di interazioni fra agenti psichici elementari, che vengono utilizzati per la descrizione degli eventi psichici dando per scontata la loro definizione; analogamente, nella descrizione del funzionamento di una macchina, non si ritiene necessario definire il singolo pulsante o la singola leva, ma l'attenzione è posta soprattutto sul rapporto fra le relative parti, nell'idea che i concetti di base siano condivisi da tutti (tranne forse che dai filosofi, i quali però non vengono interpellati).

Di particolare importanza sono tali concetti, in quanto sussiste la possibilità che essi non solo non siano consci, ma che non possano essere portati alla coscienza, venendo a costituire un corpus di elementi atomistici in libero gioco fra loro, che possono venire esplorati solo obliquamente attraverso manifestazioni accidentali quali il sogno, il lapsus, il motto di spirito e il sintomo nevrotico. Elementi psichici consci accettati implicitamente come definiti - o su cui si ipotizza un consenso di definizione - vengono manipolati per studiare altri elementi, ancor più sfuggenti perché preclusi al pensiero conscio. 

Inoltre, anche nelle scienze cognitive di impostazione non psicanalitica, le attitudini proposizionali previste dalla teoria BDI sono pensate come sostanzialmente isolate, secondo un atomismo difeso da alcuni, come Fodor e Lepore ma aspramente contestato da eliminativisti come Churchland.

La teoria BDI infine non risolve quello che è stato definito da Cummins come il «gap di Leibniz», e che consiste nella incolmabile differenza fra i concetti che usiamo per descrivere i fatti psicologici in una spiegazione DBI e quelli che usiamo per descrivere gli eventi neurobiologici, dove trattiamo invece «synapses rather than thoughts». In tal modo, ogni spiegazione BDI perde, da un punto di vista puramente filosofico, la natura di spiegazione vera e propria, per quanto predittiva possa essere e per quanto possa aderire alla descrizione reale dei rapporti reciproci degli elementi psicologici. L'approccio delle neuroscienze sembra tentare la strada opposta per colmare questo gap.